Naruto, un alumno payaso, hiperactivo y problemático, saca las peores notas de todos los que asisten a la prestigiosa Escuela Ninja, pero está dispuesto a ser algún día un guerrero respetado y el líder de su villa. Contra todo pronóstico, Naruto se las arregla para graduarse en la Escuela y comienza su formación práctica en el arte ninja junto a los compañeros que le han asignado; Sasuke, el frío heredero de una familia ninja de élite, y Sakura, una chica lista con espíritu independiente.
En su graduación, Naruto descubre un secreto vital sobre él mismo: hace años, un poderoso y siniestro zorro de nueve colas atacó y arrasó el país.
El líder de la villa sacrificó su propia vida para derrotar a la criatura y selló el espíritu del monstruo en el vientre de un recién nacido para asegurar una existencia pacífica en la villa. El pequeño acabaría siendo Naruto. La gente de la villa, creyéndole maldito, ha tratado a Naruto siempre como a un paria. Como ninja en prácticas, Naruto está aprendiendo el arte del ninjutsu (las técnicas ocultas) junto a sus compañeros de clase, Sasuke y Sakura. El trío estudia bajo la tutela de su maestro, Kakashi, que ayuda al grupo a enfrentarse a una serie de pruebas y desafíos difíciles y peligrosos. A través de estas aventuras, los jóvenes ninjas aprenden la importancia de la amistad, el trabajo en equipo, la lealtad, el esfuerzo, la creatividad, la capacidad de inventiva y la distinción entre el bien y el mal.  Mediante estas misiones impresionantemente peligrosas ¿podrá llegar a ser Naruto el gran ninja que sueña ser?